Sabtu, 27 November 2010 sekitar pukul 16.15 WIB, Drs. Heru Prakosa, MSi telah berpulang ke Rahmatullah di rumah duka Jl. Durian no.3 Jambusari Indah Yogyakarta. Jenazah telah dimakamkan pada Minggu, 28 November 2010 pukul 14.00 di Pemakaman Sawitsari. Almarhum meninggal pada usia 55 tahun, lebih dari 24 tahun mengabdi di Fakultas Psikologi Universitas Gadjah Mada.
Diana Setiyawati, SPsi, MHSc salah satu rekan Almarhum mengungkapkan rasa duka cita yang mendalam di situs Paperless Office Sistem (PLO) Fakultas Psikologi UGM, "Allah pasti mencatat setiap kebaikan dan jejak amal jariah yang Pak Heru tinggalkan, kemurahatian & keringantanganan untuk berbagi ilmu akan selalu dikenang.Seorang Bapak Dosen yg sangat low profile, padahal ilmunya segudang…semoga mendapat tempat terindah di sisiNya. Allahhummaghfirlahu..".
Segenap Civitas Akademika Fakultas Psikologi Universitas Gadjah Mada turut berduka cita. Semoga khusnul khotimah, amal & ibadahnya diterima Allah SWT dan diampuni dosa-dosanya serta keluarga yang ditinggalkan diberi ketabahan dan kesabaran.