Rabu, 23 Desember 2009 sekitar pukul 11.00 WIB, Dr. Sugiyanto telah berpulang ke Rahmatullah. Jenazah telah dimakamkan di Patalan Kota Gede Yogyakarta pada hari itu juga pukul 16.00 WIB. Sebelumnya almarhum dirawat di RS. Sardjito selama kurang lebih 20 hari untuk menjalani pengobatan. Almarhum meninggal pada usia 60 tahun 5 bulan, lebih dari 30 tahun mengabdi di Fakultas Psikologi UGM sebagai pendidik teladan.
Prof. Dr. Djamaludin Ancok salah satu rekan terdekat Almarhum mengungkapkan rasa duka cita yang mendalam, "Kami sangat kehilangan Pak Giek (panggilan akrab Almarhum). Kehilangan kebaikan hati, ketangguhan dalam mempertahankan intelektualitas, ketelitian di dalam meneliti tulisan ilmiah, baik skripsi, tesis, disertasi atau karya ilmiah lainnya. Senyum yang khas dan suara yang lembut membekas di hati setiap kita".
Segenap Civitas Akademika Fakultas Psikologi UGM turut berduka cita. Semoga khusnul khotimah, amal & ibadahnya diterima Allah SWT dan diampuni dosa-dosanya serta keluarga yang ditinggalkan diberi ketabahan dan kesabaran.